Delokrug rada Pokrajinskog sekretarijata za zdravstvo utvrđen je odredbama člana 35. Pokrajinske skupštinske odluke o pokrajinskoj upravi (“Službeni list APV“, br. 37/2014, 54/2014 – dr. odluka i 37/16).
Pokrajinski sekretarijat za zdravstvo, u skladu sa zakonom i Statutom, obavlja poslove pokrajinske uprave u oblasti zdravstva, koji se odnose na pripremu akata za Skupštinu ili Pokrajinsku vladu kojima se: uređuju pitanja od pokrajinskog značaja u zdravstvu i zdravstvenom osiguranju i unapređuju zaštita zdravlja, zdravstvena i farmaceutska služba na teritoriji AP Vojvodine; utvrđuju mere za obezbeđivanje i sprovođenje zdravstvene zaštite od interesa zagrađane na teritoriji AP Vojvodine, kao i mere za obezbeđivanje i sprovođenje delatnosti u oblasti javnog zdravlja od interesa za građane AP Vojvodine; donose posebni programi zdravstvene zaštite za pojedine kategorije stanovništva, odnosno vrste bolesti koje su specifične za AP Vojvodinu, a za koje nije donet poseban program zdravstvene zaštite na republičkom nivou; donosi poseban program iz oblasti javnog zdravlja za teritoriju AP Vojvodine; osnivaju zdravstvene ustanove (opšte bolnice, specijalne bolnice, klinike, instituti, klinički centar,zavod odnosno institut za javno zdravlje, zavod za transfuziju krvi i zavod za antirabičnu zaštitu) i vrše osnivačka prava nad njima; predlaže plan mreže zdravstvenih ustanova za teritoriju AP Vojvodine; daje mišljenje o ukidanju, spajanju i podeli zdravstvenih ustanova čiji je osnivač AP Vojvodina; utvrđuju nedeljni raspored rada, početak i završetak radnog vremena u zdravstvenoj ustanovi čiji je osnivač; utvrđuju nedeljni raspored rada, početak i završetak radnog vremena zdravstvenih ustanova i privatne prakse na teritoriji AP Vojvodine za vreme epidemije i otklanjanja posledica prouzrokovanih elementarnim i drugim većim nepogodama i vanrednim prilikama na teritoriji AP Vojvodine; utvrđuje minimum procesa rada za vreme štrajka zdravstvenih ustanova na teritoriji AP Vojvodine; osniva Zdravstveni savet Vojvodine i Etički odbor Vojvodine;predlaže direktor Pokrajinskog zavoda za zdravstveno osiguranje i donose mere za obezbeđivanje i sprovođenje delatnosti u oblasti javnog zdravlja od interesa za građane AP Vojvodine.
Pokrajinski sekretarijat za zdravstvo obavlja izvršne, stručne i razvojne poslove pokrajinske uprave, vrši nadzor i prati sprovođenje propisa iz stava 1. ovog člana. U oblasti svog delokruga, prati i pomaže rad zdravstvenih ustanova čiji su osnivači organi AP Vojvodine.
Pokrajinski sekretarijat za zdravstvo daje predlog ministru nadležnom za poslove zdravlja za utvrđivanje broja pripravnika u zdravstvenim ustanovama sa sedištem na teritoriji AP Vojvodine, koje su zdravstvene ustanove dužne da prime za obavljanje pripravničkog staža na godišnjem nivou; daje predlog ministru nadležnom za poslove zdravlja za plan razvoja kadra u zdravstvu za ustanove koje se nalaze na teritoriji AP Vojvodine; daje predlog ministru nadležnom za poslove zdravlja za utvrđivanje referentnih zdravstvenih ustanova za pojedine oblasti zdravstvene delatnosti na teritoriji AP Vojvodine; daje mišljenje na predlog za dobijanje naziva primarijus za doktore medicine, doktore stomatologije i diplomirane farmaceute s teritorije AP Vojvodine.
Pokrajinski sekretarijat za zdravstvo sarađuje s humanitarnim i stručnim organizacijama, savezima i udruženjima u oblasti zdravstva, formira baze podataka iz oblasti zdravstva, prati rad zdravstvene službe na teritoriji AP Vojvodine.
Pokrajinski sekretarijat za zdravstvo u oblasti sanitarnog nadzora, u skladu sa zakonom, obavlja poverene poslove državne uprave, koji su zakonom povereni organima AP Vojvodine. Donosi rešenje o određivanju zona sanitarne zaštite izvorišta na teritoriji AP Vojvodine.
Pokrajinski sekretarijat za zdravstvo obavlja i druge poslove kada mu je to zakonom, pokrajinskom skupštinskom odlukom ili drugim propisom povereno.